あのですね、どうしてこんなことになったのかわからないのですが、FreeNASのTransmissionのワークフォルダのpermissionがおかしくなってしまいました。
デフォルトでちゃんと動いていた気がするんですが、今回はうまくいきませんでした。
chown 921:921 <media>
mediaはjails/transmission_1の中。
オーナーとワークグループをTransmissionのUIDである921にセットしてうまく動くようになりましたとさ。
でも、前はこんなことしてないんだけどなぁ。